故事以15年前的北大西洋上一件海難作序幕，這宗海難是由一艘在深夜?jié)忪F中航行的貨輪引起的。由于未能及時發(fā)現(xiàn)航道上有巨大冰山，貨輪猛烈撞上冰山后導(dǎo)致引擎室受到重創(chuàng)，整艘船也在不久后徹底沉沒。雖然大多數(shù)船員順利獲救，但船長與一名船員還是不幸罹難。而在15年后的東京大都會，大財團(tuán)的著名設(shè)計師在駕車時，突然心臟病發(fā)作。連人帶車沖向山谷，車子在墜落山谷后起火燃燒，設(shè)計師當(dāng)場氣絕身亡。這兩宗分別發(fā)生于兩個不同年代的意外居然是一場驚天大陰謀的序幕。幕后黑手選擇了豪華郵輪“愛芙羅黛蒂號”作為展開陰謀的地點。恰巧江戶川柯南、毛利蘭、毛利小五郎等人參加了這艘郵輪的首次航行儀式，他們將一步步揭開幕后黑手的陰謀，讓真相水落石出。

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